為解決日益嚴重的農地佔用問題，日前行政院召集農委會、經濟部、內政部、環保署、法務部等相關部會，研商農地政策，行政院長林全拍板，新政府上任後（105年5月20日）後，農地上新增的286間違法工廠全數拆除，並由中央提撥經費，支援地方政府進行拆遷，未來將公布各縣市拆遷進度，展現維護農業生產環境決心。
105年5月20日後農地上新增之違法工廠全數拆除
農委會農地資源盤查初估，全台約有1萬3,000公頃農地被違法工廠占用，農地違章工廠數量高達13萬間，違法工廠零星散落在農地上，其污染農地、切割農地，造成被破壞的農業生產環境面積擴大數倍。
為求止血，林全宣示，7月20日確立105年5月20日以後農地上新增的違法工廠全數拆除，確認無人敢在農地上設立違法工廠後，再討論處理舊有違法工廠之執行細節。
不過日前地球公民基金會曾向彰化縣府舉報，要求拆除去年520後新增三間農地違法工廠，卻遲遲沒有下文，農委會企畫處長蔡昇甫表示確有其事，地方政府容易受到壓力造成執行力不佳，或因經費因素導致延遲，目前已組成跨部會處理小組，未來中央政府除支援經費，也將定期公布各縣市違章工廠處理進度，由各界共同監督。
蔡昇甫表示，目前無法明訂拆完時間表，但已確認原則，若為施工中之違法案件，不論何種類型，即由地方政府建管單位執行即報即拆作業；第二類則為已完工之違法工廠案件，將依規定處以罰鍰且通知行為人於1個月內自行拆除，如未恢復原狀，則處以斷水斷電及每個月連續罰鍰，直至行為人恢復原狀或由地方政府強制拆除。
銜接國土規劃，落實農工分離
農委會表示，國土計畫法在去年通過後，搭配全國土地利用管理制度之變革，應以整體之國土空間規劃考量進行重整，解決長期農工交雜、錯落的土地使用問題，未來農業發展地區內之違法工廠，應依國土計畫法規定，由經濟部、內政部輔導拆遷至工業區或產業園區，使工業生產區域得與農業生產區域明確區隔。
針對配合政府整體規劃進入工業區、產業園區之違法工廠，考量違法使用造成長期農地減損及農業環境之破壞，基於外部成本內部化及生態補償原則，需課予廠商農地修復及開發補償相關責任義務，農委會表示，收取生態補償金之方向已獲林全支持，後續將討論合理之計算方式，未來該補償費將作為保護優良農地之基金，並提供實施對地綠色環境給付之經費來源。
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